凤梨在长期无性繁殖过程中，常会在吸芽、裔芽上发生自然芽变，产生叶刺多少、果皮颜色、成熟期、风味等性状的变异单株。这种 "营养系选种" 方法简单直接，是凤梨育种最经济的途径之一。我国主栽品种 "金香" 菠萝，就是从大面积栽培的 "巴厘" 群体中通过营养系选种选育出的早熟新品种，果实成熟更早、抗逆性强，抗寒性优于原品种。在无刺卡因类群体中，也曾发现有刺变异单株；而在一些叶缘无刺的杂交品种中，又发现了有刺化突变。生产上一旦发现果形、皮色、成熟期明显不同于群体的优良单株，即可挂牌标记、单独繁育、多点比较试验，性状稳定后即可申请新品种审定。芽变选种周期短、见效快，是企业和地方研究所最易上手的育种方式。
现有栽培凤梨和野生种质大多为二倍体（2n=50）。早在 1940 年代，国外育种项目就开始探索多倍体育种，通过秋水仙素处理二倍体幼苗，诱导染色体加倍成同源四倍体。研究发现，四倍体 "无刺卡因" 植株更加健壮，但果实品质反而下降；而在实生苗群体中自然出现的三倍体，往往植株长势旺盛、果实硕大，类型优良，由此激发了三倍体育种的兴趣。我国科研人员也尝试用甲基磺酸乙酯（EMS）处理凤梨茎、吸芽，开展人工诱变，目前已有短营养期突变体 "14-1" 等材料通过 AFLP 分子标记鉴定真实性。倍性和诱变育种虽然周期长、成功率低，但能创造二倍体杂交难以获得的新性状，是凤梨育种的重要前沿方向。
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